LoadError: Could not open library '/home/mastodon/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/cld3-3.2.6/lib/../ext/cld3/libcld3.so': /home/mastodon/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/cld3-3.2.6/lib/../ext/cld3/libcld3.so: undefined symbol: _ZNK6google8protobuf11MessageLite25InitializationErrorStringB5cxx11Ev
このエラーだけになった。
@kuroringo cld3 gemはprotobuf-compilerに依存するのですが、依存先のライブラリが消えちゃってるのかもしれません。protobuf-compilerとlibprotobuf-devが入っているのを確認してcld3 gemを作り直してみるといいかもです。（パッケージ名はUbuntuの場合です）
消えちゃってるというよりはバージョンが変わっちゃってる感じかも