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hexdump -Cしてみると1行目は

%PDF-1.3\n

で同じなんだけど2行目は

%\xFF\xFF\xFF\n

のはずが

%\xC3\xBF\xC3\xBF\xC3\xBF\xC3\xBF\n

になってるぬ

$ irb
> "\xc3\xbf".force_encoding("utf-8").codepoints.map{|x| x.to_s(16)}
=> ["ff"]

誰かが\xFFをUnicodeのコードポイントと思ってUTF-8にエンコードしちゃってるんだぬう

ブラウザ内のJavascriptがjsonを受け取ってファイルにしてるようだ

Base64をatob()に通すと\xffが\xc3\xbfになるのわね
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/API/WindowBase64/atob

いあもしかしたらconsole.log()かもわね…