Ubuntu 16.04/gcc 5.4.0でも再現できましたw
$ cat nou.c
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
void
main(void)
{
int f = 0;
// フラグを立てる機能
f = 1;
printf("f=%d\n", f);
}
$ gcc nou.c && ./a.out
f=1
$ iconv -f UTF8 -t SHIFT-JIS nou.c > nou-sjis.c
$ gcc nou-sjis.c && ./a.out
f=0