@kuroringo 一点、gccを更新したあとにcld3 gemが新しく作り直されてるか再確認してみていただけますか？エラーを出したlibcld3.so（だったかな？）の更新時刻をls -lで見てみればわかりそう。gemはgccが更新されたことを知らないので、既にインストールされてるgemは再インストールせずに放置するのではないかと思います。
@kuroringo 一点、gccを更新したあとにcld3 gemが新しく作り直されてるか再確認してみていただけますか？エラーを出したlibcld3.so（だったかな？）の更新時刻をls -lで見てみればわかりそう。gemはgccが更新されたことを知らないので、既にインストールされてるgemは再インストールせずに放置するのではないかと思います。