@kuroringo http-01認証をする場合にはインターネットから自ドメインでNginxまでリクエストが通るようになっている必要がありそうです。dns-01認証ならcertbotがDNSプロバイダさんとやりとりできるプラグインが入っていて認証トークンみたいのが渡せているか、あるいはcertbotに言われた通りにDNSレコードを設定する必要がありそうです。エラーメッセージとかあると誰かわかる人がいるかもー。
@zundan たぶんその手前の証明書ファイルのフォルダ指定のとこかな？
uncomment these line once you acquire a certificate.
なんで証明書を取得したらアンコメントしてねと読んだけど、あれ？証明書取得時だけアンコメント？
@kuroringo んぐんくすには詳しくなくて申し訳ないんですが、listen ... sslの行が有効になってるのに提示するべき証明書が設定されていないって(nginxがかな？)文句を言ってるように見えます。listen ... sslの行をコメントアウトすると進めるのかもしれません。