$ rake secret
で起動されるrakeコマンドはOSにインストールされているもので、Mastodonのためにbundle installされたものとは別のバージョンのものです。which rakeすると/usr/bin/rakeなどと表示されると思います。bundle installされたコマンドを使うには、bundle execを実行するコマンドの前に足すとよいです。
$ bundle exec rake secret
すると、Mastodonのために./vendor/bundle以下にインストールされたrakeコマンドを使ってもらえます。
Good luck!